In Naruto geht es um Ninjas. Sie leben irgendwann und irgendwo. Tatsächlich lassen sie sich nicht in die Geschichte unserer Erde einordnen. So fließen einige Elemente des frühzeitlichen Japans mit ein. Andererseits hat Inari einen PC. Auch scheint es Handys zu geben. Es ist also wirklich nicht möglich, zu sagen, in welcher Zeit die Serie angesiedelt ist.

Die Dörfer nehmen verschiedene Aufträge von Fürsten oder auch Privatleuten an, die von ausgewählten Ninjas ausgeführt werden. Die Verteilung der Aufgaben erfolgt nach dem Rang der Ninjas, sodass solche mit geringer Qualifikation die einfacheren Aufgaben erhalten. Aufträge werden in fünf Kategorien eingeteilt und reichen von einfachen Haushaltshilfen bis zu Attentaten. Die Dörfer finanzieren sich durch die Ausführung der Aufträge.

Worum gehts? Wie bereits angesprochen, handelt Naruto von Ninjas. Es gibt fünf große Reiche in Naruto: Das Land der Erde, das Land des Windes, das Land der Blitze, das Land des Wassers und das Land des Feuers. Jedes dieser Länder hat ein „Hidden Village“, ein verstecktes Dorf. In diesen Dörfern leben die Ninjas. Sie stellen die Streitkräfte der Länder dar.

Die Geschichte beginnt mit dem 12 jährigen Naruto. Er hat vor nichts und niemandem Respekt und albert ständig herum. Das liegt daran, dass er Aufmerksamkeit erregen will. Denn er ist ständig allein und hat keine Freunde. Zudem ist er Vollwaise. Seine Eltern sind kurz nach seiner Geburt ums Leben gekommen, als ein neunschwänziger Fuchsdämon das Dorf unter den Blättern angegriffen hat. Viele Ninjas kamen damals ums Leben, als sie ihr Dorf gegen das Monster verteidigten. Der damals amtierende Hokage (der vierte Hokage) opferte schließlich sein Leben, um den Dämon in den Körper eines Neugeboreren zu versiegeln. Dieser Neugeborene war natürlich Naruto. Der dritte Hokage, der Vorgänger dessen, der sich geopfert hatte, erließ darauf das Verbot, dass niemand darüber reden dürfe, was mit Naruto sei. Dennoch wurde Naruto von allen Erwachsenen gemieden, da sie das Monster in ihm fürchteten. Und obwohl niemand gegen das Verbot des Hokages verstieß, spürten dennoch die Kinder die Abneigung ihrer Eltern gegen Naruto und übernahmen diese. So war Naruto immer allein.

Nur Iruka, Narutos Lehrer, der bei dem Kampf gegen den Kyuubi seine Eltern verloren hatte, verstand Naruto. Dennoch ließ er Naruto bei den Abschlussprüfungen der Ninja-Akademie durchfallen, da der Junge keinen Doppelgänger von sich erzeugen konnte. Als Mizuki Naruto daraufhin dazu verführte, die verbotene Schriftrolle zu stehlen, um so angeblich doch noch Genin werden zu können, zeigte es sich, dass Naruto gewaltiges Talent hat. Er lernte in Windeseile das Kage Bunshin no Jutsu (Jutsu der Schattendoppelgänger) aus der gestohlenen Schriftrolle und setzte diese Technik auch gleich gegen Mizuki ein, als dieser sich als Verräter herausstellte. Als Naruto Mizuki besiegt hatte, wurde er durch Irukas Einverständnis doch noch zu einem richtigen Ninja. Er kam mit Sakura Haruno und Sasuke Uchiha in Team 7. Ihr Sensei wurde Kakashi Hatake. Das Team bekommt von da an viele spannende Missionen und knifflige Aufgaben.